神戸研究所は、2002年4月に発生・再生科学総合研究センター（CDB）を擁する研究拠点として発足しました。CDBは、基礎発生生物学から、幹細胞研究など再生医学に貢献する研究を併せて推進しています。

2007年4月、分子イメージング研究プログラム（MIRP）が加わり、MIRPは2008年10月より分子イメージング科学研究センター（CMIS）として新しく出発しました。CMISは、生体内の分子の働きや動きを、生物が行きた状態のまま画像として捉える分子イメージング技術を駆使して、創薬開発プロセスの革新を目指した研究や、疾患メカニズムを解明する研究を推進しています。

さらに、2011年4月、生命システム研究センター（QBiC）が誕生しました。QBiCでは、複雑な生命システムの制御原理を解明し、統合的に理解することを目指す研究を推進します。

また、神戸の地で2012年より共用開始する世界最高水準の京速コンピュータの効果的利用を目指す文部科学省の「HPCI戦略プログラム」における「分野１：予測する生命科学・医療および創薬基盤」の推進母体の役割を担うべく、HPCI計算生命科学推進プログラムも新設しました。

　神戸研究所は、これらのプロジェクトの推進により、生命現象に関する基盤的研究を展開するとともに、神戸市が推進する医療産業都市構想の中核的機関として、隣接する先端医療センターなどと連携しながら医療や創薬への橋渡し研究の展開を図り、国民の健康、福祉の向上につながる研究にも積極的に取り組んでいます。